10x V(D)J 接纳TCR/BCR恒定区的一连巢式引物对全长cDNA举行扩增，，以获取个体中所有T/B细胞的BCR和TCR的V(D)J全长序列总和。。。。。在肿瘤微情形、熏染性疾病、器官移植后倾轧、免疫治疗等研究领域中有着普遍的应用。。。。。
手艺优势
可实现成对的重链和轻链（B细胞）或α和β链（T细胞）的全长测序
细腻到单细胞水平，，能获得大宗单细胞的免疫组库数据
大规模单细胞VDJ+表达谱测序，，单个细胞本钱大大降低
代表性文章
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060
案例展示
单细胞测序展现重大的肿瘤微情形
研究配景
相识肿瘤微情形中的免疫细胞表型，，对相识癌症希望和免疫疗法的机制是必不可少的。。。。。本研究从8名乳腺癌患者的肿瘤样本及配对的正常血液、乳腺和淋投合样本中获得多个免疫细胞，，开展单细胞RNA测序实验。。。。。之后，，使用SEQC流程和“Biscuit”算法，，对这些组织中的免疫细胞举行聚类和判断。。。。。
研究思绪
本研究总共判断出83个差别的免疫细胞簇，，包括38个T细胞簇、27个骨髓谱系细胞簇、9个B细胞簇和9个自然杀伤细胞簇。。。。。大大都的细胞簇（除了其中的10个）是不止一名患者所共有的，，只管在肿瘤样本中的表型往往差别。。。。。研究指出，，部分T细胞在肿瘤和正常组织中都保存，，不过细胞毒性T细胞在肿瘤中更富厚，，Treg细胞也是云云。。。。。
在一系列后续实验中，，研究职员使用10X Genomics的要领获得27,000多个T细胞的TCR-seq和RNA-seq配对数据并开展剖析。。。。。较量了正常组织和乳腺癌组织的免疫组库，，发明表型扩增往往爆发在乳腺癌微情形中。。。。。
这些视察效果，，以及免疫细胞的RNA-seq和TCR-seq数据集和周全的剖析平台，，将有助于研究职员更好地相识免疫细胞增进和延缓肿瘤生长背后的分子机制。。。。。
参考文献
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060
效果展示
1.V-J paired特征剖析
V-J paired直接反应出CDR3或免疫组库的转变，，图中横坐标为V Gene，，纵坐标为J Gene。。。。。颜色越深体现V-J paired品貌越高。。。。。
2.V/J基因特征剖析
对CDR3 V/J基因序列长度漫衍情形举行统计，，图中横坐标为CDR3(V Gene)碱基序列长度，，纵坐标为对应的clonotype name频率，，差别颜色体现差别V Gene，，top10的V Gene用彩色体现，，other（灰色部分）体现其他V Gene。。。。。
3.Clonotype分型
一个clonotype（克隆亚型）的界说为：一组唯一的CDR3核苷酸序列。。。。。Cell Ranger凭证拼接获得的Consensus中的CDR3氨基酸序枚举行Clonotype分型，，其有用Barcode为该Clonotype的品貌。。。。。使用圈图展示免疫组库的top10 clonotype频率漫衍（clonality）。。。。。
