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非编码RNA(Non-coding RNA)是指不编码卵白质的RNA,,,,,,包括miRNA、lncRNA、circRNA、piRNA等。。。非编码RNA施展功效的方法许多,,,,,,可以与卵白、DNA和RNA相互作用,,,,,,加入多种细胞运动,,,,,,主要包括基因的激活和默然,,,,,,RNA的剪接、修饰和编辑,,,,,,卵白质的翻译等。。。
1.miRNA:miRNA是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,,,,,,它们在动植物中加入转录后基因表达调控。。。每个miRNA可以有多个靶基因,,,,,,而几个miRNA也可以调理统一个基因。。。
图一 miRNA成熟及作用方法(Mikhailidis DP, Athyros VG. Nat Rev Cardiol. 2014 Feb;11(2):72-4.)
miRNA过表达:将miRNA前体序列构建入病毒载体中,,,,,,该载体既可用于瞬时转染细胞,,,,,,也可以包装成病毒用于稳固株筛选和动物水平过表达miRNA。。。
miRNA敲低:设计针对miRNA的TuD RNA关闭片断或海绵片断,,,,,,再将该片断构建入病毒载体中。。。该载体除了可以直接瞬时转染细胞用于miRNA的敲低,,,,,,也可以包装成慢病毒,,,,,,用于动物水平敲低miRNA。。。
miRNA靶基因展望:miRNA通过碱基互补配对的方法识别靶基因的3’UTR区,,,,,,并凭证互补水平的差别指导默然复合体降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻译。。。因此,,,,,,可以将目的基因的3’UTR区域构建到含luciferase的报告基因上,,,,,,通过较量miRNA过表达或inhibitor 与报告基因作用检测荧光值的转变,,,,,,判断miRNA对靶基因的作用。。。再通过对3’UTR区举行定点突变的要领进一步确定miRNA与靶基因3’UTR的作用位点。。。
miRNA常用数据库:
(1)miRbase(http://www.mirbase.org):miRbase 是由曼彻斯特大学的研究职员开发的一个在线的miRNA数据库,,,,,,提供包括已揭晓的miRNA序列数据、注释、展望基因靶标等信息的全方位数据库,,,,,,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。。。
。。。2)TargetScan(http://www.targetscan.org/):TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的守旧的8mer和7mer位点来展望靶基因。。。
。。。3)TarBase(http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex):TarBase数据库人工履历了长达10年左右的时间去搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,,,,,,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因。。。
。。。4)miRWalk(http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/):miRWalkis是一个综合性数据库,,,,,,提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的展望信息和经由验证的位于其靶基因上的结位点。。。
2.lncRNA:lncRNA是长链非编码RNA(long non-coding RNA)的简称,,,,,,是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。。。大大都的lncRNAs在组织分解发育历程中,,,,,,都具有显着的时空表达特异性;;;;序列上守旧性较低,,,,,,只有约12%的lncRNA可在人类之外的其它生物中找到。。。
凭证lncRNA在基因组上相关于卵白编码基因的位置,,,,,,可以将其分为启动子区(promoter associated)、内含子间(intronic)、双向(bidirectional)、正义链(sense)、反义链(antisense)、3’UTR区(3’UTR associated)、基因间(intergenic)这7种类型。。。这种位置关系关于推测lncRNA的功效有很大资助。。。
图二 lncRNA分类(Huang X, et al.Cancer Lett. 2018 Jan 28;413:94-101.)
一样平常来说,,,,,,lncRNA主要从以下三种层面实现对基因表达的调控:
。。。1)表观遗传学调控:lncRNA招募染色质重构复合体到特定位点进而介导相关基因的表达默然。。。
。。。2)转录调控:包括如下几种:1)lncRNA的转录能够滋扰邻近基因的表达;;;;2)lncRNA能够通过封阻启动子区域来滋扰基因的表达;;;;3)lncRNA能够与RNA连系卵白作用,,,,,,并将其定位到基因启动子区从而调控基因的表达;;;;4)lncRNA能够调理转录因子的活性;;;;5)lncRNA也能够通过调理基本转录因子来实现调控基因的表达。。。
。。。3)转录后调控:lncRNA能够在转录后水平通过与mRNA形成双链的形式调控基因的表达。。。
lncRNA过表达:将lncRNA序列构建入病毒载体中,,,,,,该载体既可用于瞬时转染细胞,,,,,,也可以包装成病毒用于稳固株筛选和动物水平过表达lncRNA。。。
lncRNA滋扰:针对lncRNA设计滋扰片断,,,,,,再将该片断构建入病毒载体中。。。该载体除了可以直接瞬时转染细胞用于lncRNA的滋扰,,,,,,也可以包装成慢病毒,,,,,,用于动物水平滋扰lncRNA。。。
lncRNA敲除:用CRISPR/Cas9手艺对lncRNA举行敲除。。。针对lncRNA某条片断的两头划分设计多条sgRNA序列,,,,,,实现大片堆佚,,,,,,从而抵达敲除的效果。。。将sgRNA序列构建入病毒载体中,,,,,,再将Cas9序列装入另一载体中,,,,,,随后两种病毒同时熏染目的细胞举行敲除。。。
lncRNA靶基因寻找:要领基本类似于上面表述的miRNA双荧光素酶检测。。。
3.circRNA: circRNA即环形RNA(circular RNA)的简称,,,,,,是一类不具有5’最后帽子和3’ 最后poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的客观保存于生物体内的非编码RNA分子。。。
circRNA主要特征:
。。。1)circRNA由特殊可变剪切爆发,,,,,,大宗保存与真核细胞的细胞质中,,,,,,主要泉源于外显子,,,,,,少部分内含子泉源的circRNA保存细胞核中。。。
。。。2)表达水平具有种属、组织、时间特异性。。。
。。。3)circRNA呈闭合环状结构,,,,,,不易被核酸外切酶降解,,,,,,比线性RNA越发稳固。。。
。。。4)具有一定序列守旧性。。。
。。。5)在转录或转录后水平施展调控作用。。。
。。。6)绝大大都circRNA是非编码的,,,,,,但也有少数可以翻译为多肽。。。
circRNA凭证其泉源可分为三类:外显子泉源的circRNA(exonic circRNAs),,,,,,内含子泉源的circRNA(circular intronic RNAs,,,,,,ciRNAs),,,,,,以及由外显子和内含子配合组成的circRNA(retained-intron circRNAs)。。。
circRNA的作用机制:
miRNA分子海绵,,,,,,circRNA含有大宗的miRNA连系位点,,,,,,具有miRNA海绵作用,,,,,,进而间接调控miRNA下游靶基因的表达。。。
调控基因转录,,,,,,circRNA也可以通过与RNA连系卵白的连系来调控卵白功效,,,,,,好比通过与转录因子的连系来抑制基因的转录。。。
编码功效,,,,,,circRNA虽然属于非编码RNA,,,,,,可是也有少数circRNA可以编码多肽,,,,,,通过该多肽行使调控功效。。。
circRNA过表达:同上述的lncRNA办法类似,,,,,,可是circRNA过表达由于成环效率的影响,,,,,,其难度相对通俗基因的过表达更大。。。
circRNA滋扰:同上述的lncRNA要领办法。。。
circRNA敲除:同上述的lncRNA要领办法。。。
circRNA靶基因寻找:同上述的miRNA和lncRNA双荧光素酶检测要领。。。
UG环球优势:
1)项目履历富厚,,,,,,乐成率高;;;;
2)价钱优惠,,,,,,享受折扣;;;;
3)实验周期短;;;;
4)完善的售后效劳。。。
我们可以提供的效劳:
效劳内容 |
效劳形式一 |
效劳形式二 |
miRNA过表达 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
miRNA滋扰 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
lncRNA过表达 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
lncRNA滋扰 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
lncRNA敲除 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
circRNA过表达 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
circRNA滋扰 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
circRNA敲除 |
质粒构建 |
慢病毒/腺相关病毒/腺病毒 |
双荧光素酶实验 |
质粒构建 |
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