Stereo-seq基于 DNA 纳米球 (DNA Nano Ball,,,,,DNB) 开发,,,,,是具有高通量、超高区分率、大视场的原位全景式手艺,,,,,可以实现统一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四标准”同时举行空间转录组剖析。。该手艺通过时空芯片捕获组织中的 mRNA,,,,,并通过空间条形码 (Coordinate ID,,,,, CID) 还原回空间位置,,,,,实现组织原位测序,,,,,为深入地相识细胞的基因表达及形态与局部情形之间的关系建设强盛的研究手艺。。
在Cell上揭晓的“Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays”。;;;;;;赟tereo-seq的单细胞区分率、高迅速度和大视野,,,,,用于天生空间区分的小鼠转录组图谱器官爆发。。本文剖析了成年小鼠冠状半脑切片,,,,,该切片在原位剖析前应用了核酸染料,,,,,以评估获得的信号与测序后的 Stereo-seq 数据之间的相关性。。Stereo-seq 检测到染料和聚合转录物的显着共定位,,,,,批注Stereo-seq可以细胞区分率剖析成年小鼠大脑;;;;;;为剖析大脑数据,,,,,团队还对Stereo-seq数据举行了无监视 SCC,,,,,以识别差别的剖解区域,,,,,包括皮层和皮层下区域,,,,,例如海马、丘脑和纹状体等,,,,,证实晰Stereo-seq 可以高迅速度和大视野的无偏方法在空间上表征重大组织的转录组组织和单个细胞类型组成。。