DIA主要接纳数据非依赖收罗模式（DIA），，，连系古板的数据依赖收罗模式（DDA）构建参考谱图库，，，通过液质联用手艺（LC-MS/MS）将质谱整个全扫描规模分为若干个窗口，，，高速、循环地对每个窗口中的所有离子举行选择、碎裂、检测，，，从而无遗漏、无差别地获得样本中所有离子的所有碎片信息。。。随后使用搜库软件举行卵白组学的判断、定量剖析等。。。
手艺优势
迅速度高，，，无歧视地获得所有肽段的信息，，，不会造成低品貌卵白信息的丧失，，，
循环时间牢靠，，，扫描点数匀称，，，定量准确度高，，，
重复性好，，，重复样品间的定量相关性可抵达0.99以上。。。
剖析内容
1. 数据质控
2. 卵白功效注释：GO 注释、COG 注释、KEGG 注释、结构域注释
3.卵白定量剖析：卵白定量效果、卵白表达水平聚类剖析、重复性剖析
4. 卵白差别剖析：卵白差别剖析效果、差别卵白火山图、差别卵白聚类热图
5. GO 富集剖析：GO 富集效果、GO 富集柱状图、GO 富集有向无环图、
6. KEGG 富集剖析：KEGG 富集效果、KEGG 富集气泡图、KEGG 富集通路图
7. 结构域富集剖析：结构域富集效果、结构域富集柱状图、差别卵白互作剖析、
8. 差别卵白互作剖析
9. 转录组关联剖析
代表性文章
【1】Collins B C , Hunter C L , Liu Y , et al. Multi-laboratory assessment of reproducibility, qualitative and quantitative performance of SWATH-mass spectrometry[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):291.
【2】Rouwette T , Sondermann J , Avenali L , et al. Standardized profiling of the membrane-enriched proteome of mouse dorsal root ganglia provides novel insights into chronic pain[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(6):mcp.M116.058966.
案例展示
卵白定量DIA用于慢性疼痛的研究
Standardized Profiling of The Membrane-Enriched Proteome of Mouse Dorsal Root Ganglia (DRG) Provides Novel Insights Into Chronic Pain
研究配景
慢性疼痛是一种治疗计划有限的重大疾病。。。虽对其发病机理举行了多次研究，，，但各效果间保存较大纷歧致性，，，主要受限于古板卵白质组shotgun手艺固有的缺陷。。。发病机制依然不清晰。。。
实验设计
炎症性疼痛和神经性疼痛两种模子鼠及其对应control鼠共4组，，，各3个生物学重复
每个生物学重复由10-13只鼠pooling而成
剖解获得同侧背根神经节膜部分提取卵白举行DIA卵白定量
图1 实验设计类型
主要发明
1）DDA建库判断到3067个卵白，，，迄今判断数最多的背根神经节卵白研究。。。
2）DIA四组都判断到的卵白有2526个，，，其中CFA和Vehicle都判断到的有2581个；；SNI和Sham都判断到的2600个，，，批注实验重复性较好。。。
3）炎症性和神经性疼痛差别卵白划分为64和77，，，两种模式共有差别卵白为12个。。。
4）其中Serca卵白在两种模式小鼠中表达量转变相反，，，批注两种疼痛的调控机制差别。。。
5）western blot和免疫组化对上述DIA效果举行了验证。。。
图2 四组实验模子的卵白聚类剖析
参考文献
Rouwette T , Sondermann J , Avenali L , et al. Standardized profiling of the membrane-enriched proteome of mouse dorsal root ganglia provides novel insights into chronic pain[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(6):mcp.M116.058966.
效果展示
结构域注释柱状图
Interproscan是卵白质结构域和功效注释最常用的软件之一。。。为了能更周全的举行结构域的注释，，，Interproscan整合了一些最常用的结构域数据库，，，包括 Pfam、 ProDom、 SMART 等结构域的数据库，，，使用模式结构或特征举行功效未知卵白的结构域注释，，，绘制结构域注释的柱状图。。。横坐标代表卵白数目，，，纵坐标代表注释到的 IPR 条目。。。
卵白表达水平聚类图
卵白表达水平聚类剖析用于判断差别实验条件下卵白表达量的相关性。。。每个样品都会获得一个绝对或相对卵白表达荟萃，，，将所有样品表达荟萃并在一起，，，用于条理聚类剖析和 K-means 聚类剖析。。。
KEGG 富集通路图
在 KEGG 通路图中，，，圈出了差别卵白，，，其中绿色底色框内为判断出的总卵白，，，蓝色框标记的是下调差别卵白，，，红色框标记的是上调差别卵白，，，黄色框标记的是通路中该功效对应的多个卵白中既有上调差别卵白、也有下调差别卵白。。。
差别卵白互作剖析
使用 StringDB 卵白质互作数据库举行判断卵白的互作剖析，，，若在数据库中有响应的物种，，，则直接提取响应物种的序列，，，若无，，，则提取近源物种的序列，，，然后将差别卵白的序列与提取出的序枚举行 blast 比对，，，得出响应的互作信息，，，构建网络图。。。
常见问题
1. 卵白定量DIA和古板的非标记定量有何优势？？？？
古板的非标记定量一样平常需要通太过级的要领开展，，，耗时久、重复性差、数据效果可信度不高；；卵白定量DIA手艺是新一代非标记定量手艺，，，可通过更优的数据收罗模式，，，在相同时间收罗到更富厚的信息，，，压缩周期的同时，，，大福度提高样本间平行较量的重复性，，，数据效果可信度极高。。。
