微生物组学先容
扩增子测序是微生物组剖析中使用最普遍的测序要领，，，，险些可以应用于所有类型的样品。。然而，，，，该手艺只能抵达“属”级区分率。。宏基因组测序不但将分类学区分率扩展到“种”或“株”的水平，，，，并且还提供了潜在的功效信息，，，，宏基因组测序也使得从短片断组装微生物基因组成为可能。。
16s/ITS/18s扩增子测序
16S rRNA基因普遍保存于细菌和古细菌中，，，，具有多个拷贝数，，，，全长1500 bp左右，，，，其结构由9个可变区(variable region)和10个守旧区(conserved region)交替组成。。�；；；�16S rRNA扩增子测序（如V3-V4）的微生物群落多样性剖析要领已被普遍应用，，，，通太过析微生物群落中物种漫衍、群落特征和功效，，，，寻找差别样本或组间的差别菌群，，，，挖掘样本表型与微生物群落特征的关联，，，，进而剖析微生物与情形间的相互作用关系。。
生物信息学剖析内容
宏基因组
宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物情形基因组学、元基因组学。。它通过直接从情形样品中提取所有微生物的DNA,构建宏基因组文库，，，，使用基因组学的研究战略研究情形样品所包括的所有微生物的遗传组成及其群落功效。。
生物信息学剖析内容
宏病毒组
宏病毒组（Virome）直接以样本中所有病毒的遗传物质为研究工具，，，，能够快速准确的判断样本中所有的病毒组成，，，，不但在病毒发明、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有主要作用，，，，在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理漫衍等研究方面也具有主要意义。。宏病毒组学应用普遍，，，，可应用于人或动物肠道或者血液样本、水样、土壤样本等的研究。。
细菌/真菌denovo测序
细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后重新组装。。办法为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量规模的片断，，，，凭证差别的测序战略，，，，构建对应巨细文库，，，，然后举行大规模测序。。细菌de novo测序已取代古板要领成为研究细菌进化遗传机制，，，，要害功效基因的主要工具。。�？梢哉雇饕蚝吐寻滓韵嗍镀涔πШ涂赡芑疲�；；；在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面，，，，可以判断致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等；；；；在研究细菌进化方面，，，，可以研究种内进化关系。。
真菌基因组de novo测序，，，，是一种在无参考基因组的情形下，，，，对微生物基因组序枚举行重新组装，，，，并连系数据库对基因组举行注释，，，，以此为基础开展相关下游剖析的产品。。随着测序手艺的生长、测序本钱的降低，，，，完成某真菌的全基因组序列图谱已成为一定趋势。。一个物种基因组序列图谱的完成，，，，将发动该物种一系列后续研究的开展。。
