空间转录组测序介绍
空间转录组测序（Spatial Transcriptomics）是一项前沿手艺，，，，用于在组织中同时获取基因表达信息和空间漫衍数据。。 。能够从一片完整的组织切片中获取切片差别位置细胞中的转录组数据。。 。浚�？？？占渥甲樵谏镆窖а芯俊⒓膊』坪鸵┪锟⒅芯哂衅毡榈挠τ迷毒�，，，，有助于深入明确细胞的功效和相互作用。。 。
神经生物学：在神经系统中的应用有助于明确差别脑区域的细胞类型、功效和相互作用； ；
发育生物学：可追踪差别发育历程中差别细胞的基因表达转变，，，，明确细胞分解和发育； ；
肿瘤生物学：在肿瘤微情形中种种细胞的转录表达及免疫功效的明确方面施展主要作用； ；
免疫学：研究免疫细胞在组织中的漫衍和功效关于明确免疫反应至关主要，，，，可以相识差别免疫细胞类型的基因表达和相互作用。。 。
10x Visium
10x Genomics Visium将基因空间表达可视化，，，，在识别差别细胞群的同时保存空间配景，，，，提供了关于组织微情形中细胞功效、表型和位置关系的要害信息，，，，为基因表达和组织重大性研究提供了一个新视角。。 。
将冰冻组织切片安排在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内，，，，举行HE染色和成像后，，，，对组织切片举行透化处置惩罚，，，，细胞内的mRNA释放，，，，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获，，，，并且每个探针都带有特异的地点序列，，，，然后以mRNA为模版举行cDNA合成，，，，构建文库后举行测序，，，，从而能够获得基因表达的位置信息。。 。
Visium空间基因表达玻片信息
Visium芯片有4个捕获区域，，，，每个区域巨细为6.5mm *6.5mm，，，，每个spot直径为55um，，，，包括数百万个用于捕获的oligo探针序列，，，，相邻两个spot点的中心距离为100um。。 。探针序列的结构为：测序引物连系序列，，，，16 nt spatial barcoded，，，，12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。。 。
样本起始量与送样建议
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组织类型 |
样本网络 |
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OCT包埋冰冻组织/白片/切片 |
制备 OCT包埋冰冻组织块，，，，建议组织巨细为长×宽不凌驾 6.5mm×6.5mm，，，，高度≥5mm； ；
白片或贴片建议准备6-13 片（10μm 厚度）。。 。
封装好用干冰举行寄送。。 。 |
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FFPE包埋组织/白片/切片 |
石蜡包埋组织封装好后，，，，4℃举行寄送。。 。
石蜡包埋白片或贴片建议准备6-13 片（5μm 厚度），，，，4℃举行寄送。。 。 |
注重事项：详细样本准备指南，，，，请联系在线客服。。 。
生物信息学剖析内容
10x CytAssist
10x Visium CytAssist手艺计划一经推出就备受瞩目，，，，不但完善解决了古板计划在FFPE样本的痛点，，，，并且对样本要求更低，，，，以卓越的数据体现备受好评。。 。Visium CytAssist实验流程中，，，，切片、组织制备、染色和成像都在标准载玻片上举行，，，，在探针杂交后，，，，将两张标准载玻片和一张带有两个捕获区域的基因表达玻片放入CytAssist仪器中，，，，仪器捕获明场图像，，，，为数据剖析提供空间定位，，，，随后将转录组探针与基因表达玻片杂交，，，，最后，，，，把基因表达芯片从仪器中取出，，，，举行后续探针延伸及文库构建。。 。
10x Visium HD
与标准Visium完全差别，，，，相比于标准Visium的55 μm 点阵、六边形排列的信号点，，，，HD则接纳了2 μm的方形一连网格图案，，，，相互之间没有间隙，，，，大大提升了信号密度，，，，可以实现单细胞的区分率。。 。Visium HD能够将全转录组空间基因表达的能力与单细胞区分率相连系，，，，以革命性的区分率和数据质量展现FFPE组织样本中微米级的奇异生物学特征。。 。
单细胞区分率：改变了大直径55um Spot的设计，，，，以2*2μm的方格为检测单位，，，，以单细胞区分率对组织举行生物学剖析。。 。
一连的组织笼罩：实现组织样本的一连检测，，，，探索整张组织切片中以往被隐藏的生物学信息。。 。
高质量的空间数据：借助CytAssist平台能够绘制最小生物结构和最重大细胞微情形的空间结构图谱。。 。
